男性生殖器上有黑点可能是因为有包皮龟头炎而导致的，也有可能是因为暴力性生活之后而导致的。
男性生殖器上有黑点可能是因为患者长期不注意个人卫生清洁，导致生殖器官被细菌感染，从而引发的龟头炎。他会使患者生殖器官皮肤粗糙，局部长出黑点，出现淤血等症状。在性生活时，动作幅度过大，导致摩擦损伤，也有可能会导致生殖器官出现小黑点。
一般情况下，生殖器上长痘痘可能是感染病毒或者不注意清洁卫生引起的，具体内容如下：
如果患者平时有不洁性生活的情况，则可能会使生殖器感染病毒，从而会出现生殖器上长痘痘的情况；如果患者平时不注意生殖器部位的清洁，会使局部受到过度刺激，也可能出现生殖器上长痘痘的情况，如果症状比较严重，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗，有利于身体健康。
可能是龟头炎或者生殖器疱疹引起的，生殖器部位如果出现了水泡明显增多，或者是出现有脓水流出的现象，需要到正规的医院检查病情，一般选择使用B超检查，或者分泌物检查的方法进行疾病的判断，根据病因进行合理的治疗。
可能是毛囊炎，不过见不到直观症状，不好确诊，方便，还是去医院看看。平时注意下身卫生，内裤要穿的宽松些，而且要注意勤换，饮食上注意多吃些清热败火的，少吃些辛辣食物。
可能是生殖器疱疹引起的。该病主要是由人类单纯疱疹病毒感染，好发于包皮、龟头、冠状沟、男性生殖器等处。建议患者还需给予认真观察，必要时可积极到医院生殖感染科做个全面的检查，依据检查结果给予及时对症处理。平时要注意局部卫生，多喝水，暂禁性生活。
通常情况下，生殖器上有水泡，主要是因为生殖器疱疹，也有可能是因为带状疱疹侵犯了生殖器，或是水痘等病毒。但最常见的还是单纯疱疹病毒感染的生殖器疱疹，一般都是通过性接触传染的，局部的症状是成群性的水疱，并伴有轻微的瘙痒、灼痛。
如果患者是第一次感染，一般时间比较长，患者需要两个星期左右，然后病毒会潜伏在局部的神经节中，一旦身体的免疫力降低，单纯疱疹病毒就会再次激活，从而引起疱疹的复发。因此一般生殖器部位的疱疹是一种性病，很容易复发，而且很难治愈。