是可以进行手术的方法来治疗的，但是手术治疗存在风险，所以患者一定要考虑好风险的，再选择做或不做，这种外科手术可能不慎破坏阴茎的神经和血管，这将可能导致无法勃起以及龟头没有快感。也可能出现术后感染的并发症。
手术是可以治疗阴茎短小的，一般根据不同男士的生理特点和延长需求可通过阴茎延长术来是阴茎的体外部分延长三到五厘米。手术创伤小、伤口位于阴茎根部，位置隐蔽，不影响术后美观，从而提高性生活质量。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
手术治疗阴茎短小会带来局部的不稳定，有可能损伤局部神经血管，带来阴茎勃起困难等后遗症，冠状沟部位注入大量脂肪或人工材料，会形成一种畸形外观，且有些假体会带来明显不适。
阴茎短小除了手术的治疗方法，这是要看个人的年龄和身体状况来决定的。如果阴茎已经发育成熟了，不手术不能治疗，只能采用阴茎延长术治疗。在这期间要注意饮食规律，保证足够的睡眠。