应该针对具体病人以及具体病情，进行具体的分析。因为导致性功能障碍，病因比较复杂，针对这些病因的不同，也应该针对病人进行个体化的治疗。如果是由药物所引起来的性功能障碍，应该在病情允许的时候，及时地停药。如果对一些心理上的原因所引起来的，那应该对病人进行性心理治疗。
性功能障碍就是去除病因后药物辅助性功能。阳痿早泄治疗必须去除病因，很多慢性病导致阳痿早泄，比如高血压、糖尿病、甲状腺疾病、腰椎间盘疾病、抑郁症、经常喝酒等必须控制这些疾病症状，然后，手淫、包皮过长、肥胖是导致阳痿早泄最常见病因，必须戒掉手淫，割掉包皮，减肥，然后再用药。
性功能障碍自己处理可以通过针对性行为和心理治疗。主要是通过训练和指导提高病患对性反应的自身感觉，减轻在性生活过程当中的焦虑和恐惧。心理治疗是常用精神分析方法厌恶治疗方法，以及系统脱敏的治疗方法等。
可以服用中药进行治疗，积极参加体育锻炼，特别是气功的操练，以提高身心素质，增强意念控制能力，勿纵欲，勿疲劳后行房。可以服用药物，还可以通过阴茎海绵体注射治疗，再配合心理治疗的。
导致性功能障碍的原因有很多种，可能是心理方面的原因，也可能是疾病的原因。心理性性功能障碍的治疗包括心理分析治疗法、行为治疗、催眠治疗法、集体性治疗法以及夫妇共同性治疗法等，器质性性功能障碍应积极治疗原发病。调整紧张心态，放松焦虑不安的情绪。平时要避免不良生活习惯及不健康的饮食习惯。减少应酬，避免酗酒，控制饮食，充分认识到戒烟的重要性和必要性。
心理性功能障碍可以通过心理治疗、药物治疗等方式进行治疗。
对于心理性功能障碍，处理仍以心理处理为主，由于这种心理性功能障碍，常无器质性之病灶，对心理性性功能障碍实施心理性治疗是行之有效的说法，通常都能达到较理想的结果。对于这类疾病，如果患者自身患有其他方面的问题的话，也可能会造成心理性功能障碍因素。以心理性性功能障碍为目标，常常还要有性心理专家和患者交流，了解患者发生性功能障碍的主要因素是什么，进而有针对性地加以处理。如果病人出现了性功能问题，就会影响到正常生活，而且还会对患者本身产生一定的负面影响，所以要及时进行心理咨询。对于这类患者，一边心理治疗，也可协助某些药物治疗，同时对于此类患者，也常需其性伴侣，同时以患者为治疗对象，对患者给予激励，使患者信心百倍，进而使患者的性功能逐步恢复正常。