通过尿道插入输尿管软镜进入膀胱，在膀胱中通过患侧输尿管膀胱开口部位，插入软镜到结石肾一侧的输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，使用钬激光对肾盂中的结石进行碎石，冲洗出粉碎的结石后退镜。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法如下：提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道；通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄；术后观察结石清除率，若排出彻底，可在一月后拔出输尿管支架管，若仍有残余结石，需依据病情评估，选择合适治疗方案。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，发展到结合其它辅助手术设备，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法是提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道。通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄。
小于0.6的结石可以通过多喝水多运动口服排石颗粒自行排出。大于0.8的结石要做体外碎石治疗。大于两厘米的结石要做手术治疗，如果结石比较大，可以用输尿管软镜取石。每天喝水2000毫升以上，既能促进结石排出，又能稀释尿液，减少结晶沉淀。
输尿管软镜取肾结石效果很好，输尿管软镜通过尿道进入输尿管和肾盂，并可处理上输尿管、肾盂和肾盏结石，这种方法比较适合是肾盂中的小结石，直径小于3cm以下。结石过长可引起水中毒、脓毒症、脓毒性休克。
一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。