主要是母亲在妊娠期间滥用雌激素和孕激素而影响睾丸下降。部分患者可能是由于睾丸局部结构异常或者先天性睾丸发育不全等原因导致的。患者的生活环境和体质不同，发病原因通常也是因人而异的。
器质性因素：导致隐睾的器质性因素主要有睾丸系带很短或缺如、睾丸系膜与腹膜发生粘连、睾丸的血管发育异常、精索的血管或输精管太短、睾丸畸形发育以及阴囊发育异常等。内分泌因素：睾丸下降要有足够的动力，那就是要依靠母体的促性腺激素刺激胎儿睾丸间质细胞产生雄激素。
随着胎儿的生长发育，睾丸自腹膜后腰部开始下降，于胎儿后期降入阴囊，如果在下降过程中受到阻碍，就会形成隐睾对身体健康的影响表现在两个方面：其一，隐睾会影响睾丸的生长发育从而导致生精功能障碍。
小儿隐睾的原因一般是由于先天性的睾丸下降不全所导致的，比较常见的诱发因素是在怀孕的期间受到周围环境的影响，或者是受到了药物的影响，或者是孕妇的体内激素水平发生了改变，孕妇存在有糖尿病或者是高血压的情况等原因所导致的。小儿隐睾一般主要是靠体格检查和阴囊彩超检查来明确诊断。如果确诊为是小儿隐睾的，建议及时选择手术治疗。
小孩初期患了隐睾的病，由于小孩已六岁，可能不会再自行下降。如果隐睾在会阴部且没有萎缩，可以手术把睾丸牵引下来固定，如果隐睾已萎缩或在腹腔内，需考虑手术切除。日后要注意卫生。
导致隐睾的原因有两种。第一内分泌因素可能是：睾丸分泌雄性激素延迟，或数量不足，靶器官对雄性激素不敏感等。第二解剖学因素可能是：睾丸系带过短，睾丸周围组织粘连，精索血管或输精管过短，腹股沟狭小，阴囊发育不良等，但总的来说，其病因仍不是十分清楚。