肾结石疼痛的部位和结石的部位有关系。如果结石是在肾脏，是腰区疼痛，就是脊柱两侧腰痛。如果有小结石排到输尿管，可以出现腹痛，腹痛的性质比较剧烈，呈绞痛性质，可以伴有向会阴部放射。
肾结石的疼痛主要常位于病人的脊肋角、腰部、上腹部，多数呈阵发性，亦可为持续性。严重时面色惨白，出冷汗、脉细而速，以致血压降落呈休克状态。同时多伴有恶心呕吐、腹胀便秘。绞痛发作时，尿量减少，缓解后可有多尿现象。
通常情况下，肾结石更容易引起患者的疼痛，尤其是腰腿疼痛。
肾结石有疼痛一般情况下都属于正常现象。患者有疼痛，应该及时去医院检查，同时也应该接受正规治疗。肾结石发病初期，若是形成急性梗阻的话，那么就会引起腰部疼痛较为剧烈，要及时去医院做详细检查，以明确结石具体病情，之后再对症治疗一些。如解除输尿管痉挛止痛药物等对症处理，此痛可有减轻。与此同时，对于肾结石也要积极的治疗，只有把肾结石完全的排干净了，这样的痛苦才能得到完全的治愈。
肾结石主要是腰背部疼痛。结石的位置不一样，疼痛的性质也不一样。如果是肾盂内大的结石，或者肾盏的结石，一般没有明显的疼痛，也没有明显的临床症状，主要是活动后出现上腹部、腰部钝痛的表现。当肾脏小的结石由肾盂排到输尿管时，会引起肾绞痛或者输尿管绞痛的表现，最典型的表现是阵发性的腰部疼痛，或者上腹部疼痛，疼痛剧烈难忍，疼痛阵发性的加重，疼痛时可能会有恶心、呕吐、血尿等症状。
肾结石疼痛是在肾脏内制造的，所以最初在肾杯或肾盂内。
由于结石的移动从肾盂进入输尿管，输尿管的路径比较长，通常有25厘米长。结石移动过程中输尿管粘膜受到刺激，引起输尿管粘膜水肿，输尿管内平滑肌受到刺激会引起输尿管强烈痉挛收缩。此时，结石的位置稍微靠上的话，腰背部会持续疼痛，并且阵发性会变强，有可能出现疼痛。
肾结石的疼痛程度是由自身结石的情况决定的。一般如果结石比较小，病人的疼痛不是很剧烈，所以此时一般是0-3级的轻度疼痛。其次，如果结石在增大的过程中没有得到控制，那么当它们影响到日常生活时，一般可以达到4-6级的中度疼痛。这个时候，我们就应该多加注意了。另外，对于一些患者来说，自身的肾结石比较严重，会对自己的睡眠质量和生活方式造成一定的影响。此时，可能会出现7级或以上的剧烈疼痛。对于不同程度肾结石疼痛的患者，要在症状相对较轻的时候及时到正规医院进行相应的检查，并根据自己的实际情况进行相应的治疗。