尿道囊肿如果比较小，不影响正常的排尿，是不需要做特殊的处理，定期的去医院复查即可。如果尿道囊肿比较大，影响到正常的排尿，可以去医院选择做逆行性造影，可以做出明确的诊断。必要的时候可以去医院选择做手术进行治疗，选择微创的手术方式，也就是经尿道囊肿切除术。
尿道旁腺是分布于女性尿道口后壁的二个腺体。如果腺体排出口阻塞，则可形成尿道旁腺囊肿。如果继发感染，则形成脓肿。尿道旁腺囊肿切除术，是治疗尿道旁腺囊肿的首选方法，如果尿道囊肿体积较大，位置较深或者与周围组织粘连较重，为了不损伤尿道，可仅切除部分囊肿前壁界，即尿道囊肿开窗术。术前需要用碘伏进行坐浴。有膀胱炎的，应提前进行抗感染治疗。
患有尿道口囊肿与机体免疫力低下和内分泌失调直接相关，可导致免疫力下降和局部尿道口扩张，从而引起感染。在正常饮食中，患者应该多吃蔬菜、苹果、香蕉、葡萄、西红柿、绿豆芽、胡萝卜，少吃油腻、油炸、腌制和烟熏的食物。膀胱切除术通常被用来治疗这种疾病。
如果囊肿比较小，没有其它症状，可以不做特殊处理。如果尿道口囊肿比较大，可以做一个完整切除，切除以后注意瘢痕情况。囊肿不会有什么症状，也不会发炎，也不会有疼痛，所以小的可以不管，大的考虑手术切除。
引起女性尿道口囊肿的原因是由于慢性炎症刺激导致的，所以首先应该进行消炎。可以服用对症药物，然后使用对症药物坐浴。内裤勤换洗。是严重的囊肿是需要手术进行治疗的。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。