可能会导致尿路感染发烧，取石的效率不高，可能需要多次的手术，有可能会导致肾周感染，肾脏包膜下血肿等。如果肾脏结石小于2到3厘米，是可以选择做输尿管软镜取石术，如果肾结石更大，大于三厘米，可以选择其他的手术方式。
输尿管软镜容易出现感染甚至感染性休克，手术后需要严密观察生命体征情况，如果出现心率快血压低、寒颤等情况，需要及时告知。输尿管软镜术后第二天可以下床活动，进食软食，多喝水。不能活动过多，容易引起腰痛。术后需要复查结石情况，术后一月拔出输尿管支架管。
输尿管软镜取石，需要住院进行，手术费为2500元-3000元。麻醉需要采用全身麻醉，麻醉费大约需要2000元，共计需要花费4500元-5000元。这只是麻醉和手术费，不包括住院期间的检查费及用药治疗、后期药物排石等辅助治疗的费用。
输尿管镜取石是一种微创取结石的方法，在20年前绝大多数结石都是开放性的手术取结石，现在都是微创的手术方式取结石，输尿管镜取结石就是在麻醉状况下通过尿道膀胱放入输尿管镜，输尿管镜在导视的引导下进入输尿管后继续上行找到输尿管内的结石，然后通过输卵管镜，镜壳插入火激光将结石击碎，然后通过输尿管镜在冲洗出塑料管，这就是输尿管镜取石。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，发展到结合其它辅助手术设备，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法是提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道。通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄。
输尿管镜取结石手术半小时左右，一般住院三天左右。体外冲击波碎石术是治疗输尿管结石最合适的方法。如果碎石术失败或在碎石机上看不到结石，可用输尿管插管或输尿管镜碎石术进行碎石术。输尿管镜有软镜和硬镜，激光或超声碎石术。手术效果很好。术后将支架置入输尿管1个月。