龟头炎，如细菌、真菌、滴虫等感染都可以造成局部疼痛，小便时局部存在有尿液刺激可导致疼痛加剧，往往伴有局部黏膜破溃或者渗出，或者伴有较多的分泌物等，需要进行相关病原学的检查进一步确定，此病还可能通过不洁的性接触导致传播。尿道炎可以出现小便时龟头放射性疼痛，伴有尿频、尿急、排尿疼痛的症状，需要进行尿常规检查进一步的确诊，部分急性尿道炎可以在尿道口出现脓性的分泌物，产生轻微的疼痛感或者剧烈的疼痛。
在小便的时候，龟头出现疼痛，而且出现尿频尿不尽的现象，这是炎症的，说明出现尿路感染，和个人卫生，喝水少有关系，要注意饮食，禁忌辛辣食物和生冷有刺激性的食物，可以多喝水，每天两公升。
尿尿龟头疼最大的可能就是尿路感染的症状，尿路感染时，细菌侵犯龟头黏膜，尿尿时龟头就会疼痛。另外，尿尿龟头疼有可能是手淫或者性交粗暴，导致龟头部尿道的黏膜损伤，所以造成尿尿龟头疼。
尿尿时疼痛考虑是由于尿路感染，前列腺炎，尿路结石，膀胱结核，前列腺增生，尿道炎等疾病导致的。尿路感染，还会伴有尿频、尿急、尿痛，排尿时伴有疼痛灼烧感等现象。可以进一步查前列腺液常规，分泌物检查。
尿尿时小腹疼痛可能是炎症感染导致的，可行尿常规检查，若有白细胞升高，可药物治疗。若有尿道分泌物，需要做分泌物常规，及培养检查。另外泌尿系结石也会导致排尿时疼痛，可考虑行泌尿系彩超检查，排除结石可能。