胶囊内镜的劣势是，如果有消化性溃疡、消化道出血会造成胃肠道有憩室，易导致胶囊内镜嵌顿其中，胶囊内镜通常1-3天排出，若长时间未排出，应到医院检查，可能会引起肠梗塞。
可能会嵌顿在消化道的某一部位，不能排出体外。导致这一后果最常见的原因是消化道有炎症或者溃疡，或者消化道出血的患者，消化道形成龛，胶囊内镜嵌顿进去，不能出来。另一个常见的原因是消化道先天畸形，导致消化道狭窄处太多。
一般情况下，胶囊内镜并不能取代肠镜，因为胶囊的作用是检测小肠，而胶囊胃镜则可以检测到胃，它的外部必须要有一个磁场，才能让它在胃中移动，所以才能让它在一个更大的空间里，尽可能的给病人提供更多的影像，而如果把更细的肠管放进肠道，那么就会错过更多的信息，而且，胶囊从胃和小肠到结肠之间，都要花上几个钟头的时间，小肠会一直往结肠中排泄，所以，对结肠的观察也会造成一定的阻碍。以后可以研制成胶囊式的结肠镜，可以用来进行体外操作，同时还要考虑到结肠的排泄。患者可以结合自己的实际情况来选择合适的检查方式。
做胶囊内镜要注意以下事项。
在进行胶囊内窥镜时，要做好肠道的预备工作，同时还要注意食物的摄入。胶囊内窥镜是一种非侵入性的检查，可以全面的了解整个消化道的情况。但是如果是肠胃梗阻、肠道狭窄的患者或者体内安装了其他的医疗器械，那么就不能做胶囊内窥镜了。在体检前一日要应该进行流食，避免摄入蔬菜和水果。服用胶囊后2个小时内不能吃东西，4个小时以后不要再喝流食。如果出现异常现象，要及时告知医生。
以下情况是胶囊内镜检查。
胶囊内镜检查是一种新型的检测方法，通过这种方式，将影像传递到外面的录音机上，然后传输到工作站上，这样，医生就可以通过影像进行判断患者的病情，然后在医生的指导下进行相应的治疗，从而帮助缓解不适症状。
日常生活中，需要注意应当饮食均衡，保证营养丰富。可以适当使用豆制品、牛奶、瘦肉等食物。
通常情况下，胶囊内镜排不出的几率是10%到20%之间。具体情况分析如下：
胶囊内镜不能排出，主要是因为便秘、肠管堵塞、肠道占位等原因，造成肠腔狭窄，从而造成胶囊内镜无法取出。而不能排出的概率也会根据医院的情况而定，一般都在10%到20%之间。建议需要掌握胶囊内镜检查的适应症，如果是老年患者，或者是肠道占位的患者，通常也是不推荐使用胶囊内镜的。