肾结石和肾囊肿的治疗取决于结石的位置和囊肿的大小。不需要外科治疗。然而，当囊肿较大且有可能导致破裂或远端尿路梗阻时，应积极进行外科治疗。手术后，需要口服抗炎药物治疗。特定药物的使用和剂量应根据医师的意见进行。
通常情况下，肾结石有囊肿的患者可以通过保守治疗、手术治疗等消肿。具体情况分析如下：
1.保守治疗：肾结石有囊肿的患者如果体积比较小的话，没有形成梗阻或者梗阻，比较轻微的时候可以通过一些保守的方法来进行治疗，就可以取得比较好的效果。
2.手术治疗：肾结石有囊肿的患者如果体积大于四个厘米，那可能就需要进行手术治疗。
可以手术取石，也可以观察，就是多喝水，多排尿，半年左右复查泌尿系彩超一次，看看结石是否已经排出或者又已经长大。如果是特殊职业，不能有这个结石，只能手术，得做输尿管软镜手术，因为这么小的结石只能输尿管软镜才能碎石取石。
肾囊肿是多发性良性肿物，生长缓慢，不用紧张，囊肿很小，注意观察。每年定时复查肾脏彩超观察囊肿大小及肾脏功能指标。肾结石只要不疼痛，一般不需要治疗，平时要多饮水。
肾结石如果是结石比较小的话，可以不用处理，定期复查就可以了；如果大于5厘米的可以考虑手术，或者是在B超下穿刺来解决。肾囊肿如果是比较小的范围，也可以建议定期观察，定期复查B超。
如果存在肾结石伴有左侧出现肾囊肿的出现，考虑有可能会引起疼痛的，一般存在肾结石疼痛非常明显，疼痛主要有考虑是囊肿导致的，需要定期复查，如果疼痛非常明显，保守治疗无效可以手术干预的。