通常情况下，肾结石时间长了可能不会萎缩，也可能会萎缩。具体情况分析如下：
肾结石一般是指晶体物质从尿液中析出并沉积于肾脏，属于上尿路结石，如果肾结石患者未出现阻塞的情况，一般不会导致肾脏萎缩；如果患者出现了阻塞的情况，可能会导致严重的肾积水，进而诱发肾萎缩。肾结石患者应尽早的进行治疗，避免更严重后果的出现。
肾结石时间长了会引起一系列肾病，肾结石是结晶物体在肾脏沉积导致，常见于男性，左右两侧均可发生，一般肾结石无明显症状，可不予处理，多数以疼痛就诊，考虑为结石由肾脏排入输尿管造成梗阻，梗阻可导致感染和肾积水、肾功能异常，根据结石的大小进行相应的处理。
肾结石会不会引起肾萎缩，要看患者的情况。
肾结石在早期就被诊断出来，经过及时的处理，基本上不会对肾造成太大的伤害，也不会造成肾萎缩。肾结石是一种常见的疾病，一旦发现不及时治疗，造成阻塞，在晚期就会发生肾萎缩，这是由于肾结石堵塞，会造成肾水肿，肾水肿的程度会加重，从而造成肾组织的收缩。
因此，对于肾结石患者，要尽早进行有效的处理。
肾脏结石可引起肾萎缩，发生萎缩并不是因为血管源性的萎缩，因为肾脏结石导致肾积水，导致肾盂内的压力升高，长期处在高压的状态，肾脏的实质会受到压迫，逐渐出现压迫变形的状况，肾实质越来越薄会出现萎缩的现象。
肾结石是会导致肾萎缩的。肾脏发生萎缩，侧肾的功能可能就减退或衰竭了。肾结石如果较多较大，长期的梗阻会造成肾脏的萎缩已经肾功能的障碍。应早去正规医院检查。多吃低钙食品，多吃蔬菜。
如果是一边的肾脏萎缩，另外一边的肾脏出现结石，一定要注意，首先应该到正规的医院做进一步的检测，看看肾脏的情况。还需对肾结石进行积极的处理，要尽早将其排泄出来，避免出现结石堵塞，对肾功能造成损伤。由于肾萎缩可能会导致肾的机能下降，一些患者出现了肾萎缩，可能会导致肾功能完全消失，所以要注意对患有结石的肾进行一定的防护，尽早将其排除，避免发生更大的问题。