一般情况下，射完精后阴茎疼痛的原因可能是精囊炎，睾丸附睾炎等。
1、精囊炎：精液通过尿道射出体外之前会从睾丸附睾进入输精管、射精管。当精囊有炎症的时候，在阴茎的内部的尿道就会出现射精疼痛的现象。
2、睾丸附睾炎症：精液里面有白细胞、红细胞导致，会刺激阴茎出现疼痛的症状。为了明确病情，及时治疗，建议及时去医院进行相关检查，如做睾丸附睾彩超和精液分析。
这是为阴茎海绵体的炎症反应或者是尿道炎，也会出现这种疼痛的现象，需要到泌尿外科或男科来检查阴茎海绵体的血流多普勒和尿道脱落细胞检测，这样才能选择敏感的抗菌药物进行调治，也可以选择康复理疗的方式。
阴茎流脓是由于感染了支原体，衣原体，淋球菌，葡萄球菌，杆菌等微生物等细菌。一些不洁的性生活或性伴侣，有妇科炎症都可以引起感，到医院的生殖感染专科就诊，在医生的指导下行相关检查，以明确诊断，及早治疗，要注意局部卫生，保持干燥清爽。
应该考虑是由尿道炎导致的，当身体抵抗力低，再加上久坐久站，受凉或不注意阴部清洁卫生的时候，就特别容易发生尿路炎症感染，引起尿道疼痛。不要积食得当，使用奎洛酮类消炎药或药物类消炎药治疗，然后多喝水，忌生冷辛辣等刺激性食物，戒烟戒酒，是很快就能够治好的。
多见于尿路感染引起的脓尿，引起尿急、尿频、尿痛的症状，可以检查尿常规明确病因，及时给予足量的抗生素控制炎症，多喝开水对尿路有冲洗作用，注意卫生。注意休息，不要劳累，合理饮食，多喝开水，注意外阴部的卫生。
阴茎疼痛难忍可能是因为出现了生殖器疱疹。也可能是出现尿路感染的表现。多为出现生殖器的疼痛肿胀，需要使用抗病毒药物治疗的，如果是出现了细菌感染，应该选择。用消炎药物。