男性泌尿系统感染主要是针对感染的严重程度进行治疗，如一般治疗、药物治疗。
1、一般治疗：男性的泌尿系统感染不是很严重的，可以在日常生活中多喝水，多排尿，多锻炼身体，提高免疫力，可以让尿道感染自行愈合。
2、药物治疗：如果尿路感染的症状比较严重，或者是尿道口流脓，可以在医生的建议下口服抗生素，比如左氧氟沙星，头孢地尼等，还要多喝水，以疏通尿道，减少细菌的滋生。
如果是比较严重的尿道炎症，可能会有尿频，尿急尿痛的症状，可以通过药物进行治疗，可以服用消炎的药物。
平时要有一定的生活习惯，平时要多吃些抗炎症的药。适时的补水可以加速身体的液体代谢，这样可以使尿变得更加的稀薄和清洗身体中的病菌。避免饮酒、摄入含糖量高的饮品，以及辛辣刺激性食物，避免刺激膀胱，从而加重病情。
发生尿路感染以后，会出现尿频，尿急，尿痛及排尿不适等膀胱刺激征，当出现这些症状时候，需要到行尿细菌培养及药物敏感试验，找到致病菌和敏感抗生素，然后再对症下药，选择敏感抗生素来治疗，治疗期间，需要多喝水，勤排尿，不要憋尿，保证每天排尿量在2000ml以上，这样可以起到冲刷尿道作用，同时每天要用清水清洗尿道外口，会阴部，保持局部清洁。
可在医生指导下服用中药，中药具有的利尿作用能增加尿液流量，增加对尿道寄居细菌冲刷作用，减少感染细菌在粘膜的定植，控制感染，缩短尿路感染症状及体征的消失时间，提高细菌清除率，从而达到治疗泌尿系感染/阴道炎的效果。
尿路感染首先要进行抗感染治疗，常用的药物是头孢类的抗生素。其次，确定感染的部位。尿路感染的部位通常分为上尿路感染和下尿路感染。上尿路感染通常合并有泌尿系统的畸形，如果判断是上尿路感染，就要进行泌尿系统影像学的检查，其中包括泌尿系统的彩超、造影、CT。下尿路感染相对比较简单，多喝水，如果细菌感染控制不佳，可以做尿液的细菌培养，根据培养的结果，选用合适的抗生素进行抗感染治疗。