卵巢囊肿的病因并不是很清楚，可能有多方面的原因，有的是先天性的，有的与内分泌有关系等。另外，对于卵巢囊肿的治疗，药物治疗是没有作用，除非是手术治疗，但大多数很小的囊肿不需要治疗。不知道病人的囊肿大小，若是囊肿小于5cm，定期复查就可以。
如果由于炎症引起的卵巢囊肿，再抗炎治疗，以后大部分都会消下去的，就是如何判断这个卵巢囊肿，很难判断，所以说，如果有卵巢囊肿，在月经干净3到5天做b超，如果有，并且持续三个月，卵巢囊肿直径大于三公分，可以手术治疗。
怀孕会卵巢囊肿的原因如下：
女性患者在怀孕以后，卵巢需要形成黄体，黄体的分泌的激素，才能够支撑正常的怀孕，继续延伸下去。在这情况下，卵巢的黄体继续增大，就会在B超下显示，卵巢比没有怀孕时要大，因此，孕妇对于这个问题不必过度紧张担忧。如果囊肿存在异常，就需要及时去正规医院进行检查治疗，防止出现不必要的意外。另外，孕妈在孕期需要定期去正规医院进行产检，观察胎儿的发育状况，排除胎儿的异常情况。
通常情况下，宫颈纳氏囊肿不会引起卵巢囊肿。具体情况分析如下：
而宫颈纳氏囊肿是一种生理性现象，是由于宫颈的腺体能分泌许多黏液，粘液积聚就会形成囊肿，大多数宫颈纳氏囊肿一般无自觉症状，而卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，免疫力下降、感染、吸烟、电离辐射等因素都有可能会导致卵巢囊肿，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，因此宫颈纳氏囊肿不会引起卵巢囊肿。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。