卵巢囊肿和卵泡组织结构和形态是完全不一样的卵泡属于生理排卵，囊肿属于病理性，女性因为工作不能有良好的饮食习惯，或生活习惯不好都是能导致体质过度酸化，人体的身体功会整体的下降，引起肾虚，最后导致卵巢疾病和内分泌失调，使之发展成为卵巢组织增生，导致囊肿的出现，这时就会对排卵造成很大影响。
卵巢囊肿是属于病理性的，卵巢的囊性增生病变，而卵泡是属于生理性的排卵现象，一般需要做几次B超才能够确定，如果是卵泡，在排卵结束之后，卵泡就会没有了，B超看不到了。如果是卵巢囊肿，那么跟生理周期没有太大关系，排卵结束还会有。
卵巢癌属于妇科的恶性肿瘤，恶性程度比较高，会直接威胁到生命安全，生存时间缩短，需要尽快的进行手术医治，卵巢囊肿往往是良性肿瘤，如果直径没有超过五厘米的情况下，可以保守医治。
一般情况下，卵泡不是卵巢囊肿，具体分析如下：
卵泡不属于卵巢囊肿，卵巢上没有卵母细胞或黄体，也没有形成成熟卵子的细胞，所以不能成为囊肿。卵泡与卵巢囊肿之间仍存在差异。卵泡通常较小，多数卵泡<25mm，但卵巢囊肿通常较大，通常>20mm，有些囊肿可>50mm；卵泡通常为较规则圆形或椭圆形囊性结构但囊肿多为圆形或其它较规则形状；超声观察时卵泡液回声为均一液性暗区但囊肿可呈弱回声，弱回声或强回声且回声可不均匀。
卵巢癌属于卵巢恶性肿瘤，在早期常无症状。而卵巢癌一旦有不适症状，往往就属于晚期，比如会出现便秘，腹胀，或者自己摸到腹部包块。卵巢囊肿包括卵巢生理性囊肿，卵巢良性病理性囊肿以及卵巢恶性肿瘤。
卵巢囊肿和巧克力囊肿的区别就是卵巢囊肿分为生理性和病理性囊肿，生理性囊肿一般随访2到3个月可自行消失不需要治疗，病理性的囊肿一般是直径超过5厘米的囊肿，这个需要手术治疗。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，症状比较明显，一般以痛经为主。