子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。
若女性在怀孕期间身体患有某些疾病，如流感、肺炎等传染性疾病，那么这些细菌病毒会侵害胚胎从而导致胎儿中毒。若女性的内分泌失调，如甲状腺、脑垂体功能下降，这会导致子宫发育不良，从而无法为胚胎提供良好的生长发育的环境，甚至会对胚胎的发育产生危害，这都会造成先兆流产。
先兆流产的原因：细菌感染，外伤，精神因素，性交都可能导致先兆流产，如果出现，应该到医院就诊，同时注意休息，应当减少活动，吃点温和的营养品，情绪放松，不可吃生冷辛辣的食物，若是身体出现明显不适疼痛或是阴道流血多时都是可以在医院保胎治疗的。
胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
先兆流产原因男方可以查染色体、染色体断裂率、精子DNA完整率、精液分析、抗精子抗体、优生四项、支原体、衣原体、血型等。女方要查：染色体、染色体断裂率、优生四项、免疫、支原体、衣原体、内分泌六项、白带常规、封闭抗体、血型等。