卵巢囊肿绝经后会消失，以前检查时有过卵巢囊肿的情况，现在已经绝经了，卵巢囊肿有可能会缩小的。卵巢囊肿可以半年左右复查一次，如果出现腹痛或有阴道出血的情况需要及时就诊。绝经后性激素水平下降，卵巢囊肿有可能会自行变小或消失的，注意复查就可以了。
功能性囊肿也会自行消失，而且还不用等到绝经后，在生殖年龄的女性当中相当普遍。异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿。这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。
女性闭经后随着激素水平的下降，卵巢囊肿一般不会再长大了，但也很难消失。如果有出血的症状还是积极治疗，避免引起贫血。平时精神压力不要过大，多注意休息，不要劳累，养成良好的作息时间，多参加户外运动。
如果是生理性的囊肿，于月经周期及内分泌激素有关，可以消失；但器质性病变的卵巢囊肿，即使绝经后也不会自动消失。如果较大，需要手术切除。小于五厘米可以采取保守治疗的，大于五厘米是需要考虑手术治疗的。
卵巢囊肿要看其大小，是否带蒂，如果囊肿较大，可以导致周围组织压迫症状，如果发生蒂扭转，可能导致急腹症的，要及时手术处理的。如果囊肿很小，经过动态复查生长不快，可以继续观察看看的，暂时不用处理。
卵巢囊肿，它是常见的生殖器肿瘤，多是良性肿瘤，生长速度慢，如果进入绝经期小囊肿可能会出现自然萎缩。多数患者认为卵巢囊肿的形成与体内雌激素有关，绝经后会随着雌激素的降低而消失，其实并非如此。在这里要提醒的是绝经前本身患有囊肿的患者，在绝经后囊肿非但不会消失，还会随着衰老卵巢的变化而加重病情，甚至会恶化。