巧克力囊肿会出现的危害主要有：造成女性月经不正常：因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛，所以女性一定要及时治疗疾病。造成弥漫性腹膜炎：因为女性不及时治疗导致囊肿破裂，小破口就可能和周围组织形成粘连，但是如果破口大，就可能使得巧克力样液流入腹腔，刺激周围的腹膜，造成弥漫性腹膜炎。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
晚期恶性巧克力囊肿症状表现为恶病质。妇科检查阴道后穹窿处有散在的硬结节。大多数肿块为横向、固体或半固体。表面凹凸不平，固定，常伴有血性腹水。有时肿大的淋巴结可在腹股沟触及，在腋下或锁骨。
卵巢巧克力囊肿是巧克力囊肿破裂，会出现突发腹痛，且以下腹部为主，疼痛的程度取决于囊肿的大小和囊肿破裂口的大小，伴有低热。是一种妇科急腹症，要及时就医急诊检查明确诊断，确诊后要急诊手术治疗。
卵巢巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛；如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。