有可能会恶变的，子宫内膜异位症的三种临床分型，第一种巧克力囊肿，第二种叫做子宫肌腺症，第三种深度结节。有的病人可能这三种类型都有，对于第二种，是不可能会发生恶变的。第一种和第三种恶变率很低，因此，对子宫内膜异位症不要存有过多的担心，但是还是及时去医院进行确诊治疗。
做腹部彩超能是不能看出子宫内膜异位的，建议可以做腹腔镜检查和C125测定，若确定子宫内膜异位，是会影响生育的，建议可以及时进行药物治疗，药物与手术联合治疗或中医治疗。
子宫内膜异位症术后的注意事项包括，要保存好自己的病历资料，包括用药、手术经过、术后复查的资料等。为了巩固手术效果，减少和延缓复发，需要接受进一步的药物治疗的。月经期杜绝性生活，禁止激烈的运动，做好避孕，避免人工流产。
一般手术时间为一小时左右，手术治疗可以选择腹腔镜手术，手术以后一个月内应当在家注意休息，避免劳累和受凉，避免剧烈活动和用力。一个月内禁止性生活，并定期复查一下。
做完子宫内膜异位症后不要马上同房，至少要等手术康复以后才能进行性生活，对于手术之后康复的时间是一个月到两个月，每个人的身体状况不同，时间也不同。平时多注意休息，少吃刺激性食物。
子宫内膜异位症可以用中医的辨证施治方法，中医治疗原则是温经散寒、活血化瘀、软坚散结、消肿止痛，总的原则来讲，是通过用中药，一般用中医古方桂苓宫膜贴，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，临床症状会随着异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。