一般呈褐色，巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜是生长在子宫腔内的，受体内女性激素的影响，每月要脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入到盆腔，种植在卵巢表面或者盆腔的其他部位形成异位的囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，被称为巧克力囊肿，因为含有长期沉积的血液呈褐色，像浆糊和巧克力。子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能是由以前的异常妊娠行为引起的，如流产和异位妊娠。也可能是由精血回流等因素造成的。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
引起巧克力囊肿的原因主要有忽略经期卫生，妇科手术操作，经血逆流，内膜种植，浆膜上皮，化生内膜，血液淋巴，良性转移。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术。
卵巢巧克力囊肿通常就是由于，子宫内膜异位到卵巢上生长而形成，常见于多次的输卵管通液手术或者是人流手术等原因导致引起，或者是在月经期同房以后导致月经血逆流，而导致引起的子宫内膜异位到卵巢的表现，当卵巢巧克力囊肿小于五公分以下，而且没有引起明显的痛经，这时候就可以不用进行特殊的处理治疗。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。