若女性在怀孕期间身体患有某些疾病，如流感、肺炎等传染性疾病，那么这些细菌病毒会侵害胚胎从而导致胎儿中毒。若女性的内分泌失调，如甲状腺、脑垂体功能下降，这会导致子宫发育不良，从而无法为胚胎提供良好的生长发育的环境，甚至会对胚胎的发育产生危害，这都会造成先兆流产。
子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。
有一些女性即便是在怀孕期间，仍然有很多不良的习惯，比如酗酒，酒精当中所含有的大量乙醇会直接造成胚胎发育受损，对胎儿造成巨大的伤害，也会影响到胎盘和胎儿的血液循环，进而引发先兆性流产。
孕妇的感染病、高烧、严重贫血、严重营养不良、放射性、有毒物质接触和生殖道畸形如双子宫、子宫肌瘤等易导致先兆流产。引起先兆流产的原因是比较多的，比较常见的是因为在怀孕早期孕妇体内孕酮低引起的。另一个比较常见的原因就是因为胚胎发育不良导致的自然淘汰。
先兆流产发生的病因主要有，染色体异常，染色体异常是流产的主要原因，染色体异常包括数量异常及结构异常两大类。又或者是母体原因，包括全身性疾病，全身感染时高热，可诱发子宫收缩，引起流产，还有一些已知的病原体感染，孕妇心衰、严重贫血、高血压、慢性肾炎及营养不良，均可导致先兆流产。