功能性下丘脑性闭经的治疗，应该是首选诱导排卵法，或者用尿促性素（HMG）治疗，但仅用于下丘脑GNRH分泌异常，而垂体和卵巢有正常反应的闭经者，给药必须模拟生理性的释放形式，断续的，脉冲式的静脉或皮下注射制药，其次，可用中药治疗，中医养阴补肾与活血补肾法。
治疗要明确是那种疾病再进行治疗，可以到正规医院内分泌科或外科就诊检查，根据病情采取激素类药物、手术、放疗等方法治疗。甲状腺-肾上腺皮质激素、性激素替代疗法，适用于全垂体功能衰退引起的多腺体功能减退者。垂体性闭经-手术和放射疗法垂体性闭经-食疗。
脑垂体造成的闭经可以用中草药来治疗，有很好的效果。因为脑垂体能分泌促性腺激素，促性腺激素有调节卵巢功能和维持月经的作用。如果脑垂体的功能失调，就会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的功能，卵巢功能不正常就会引起闭经。
脑垂体造成的闭经用中药调理为好，做好3个月左右调理的思想准备，注意饮食营养，多休息，饮食清淡点，不要吃辛辣刺激的食物为好，注意多喝热水，红糖水之类的，尽量让生活有规律，不要熬夜，过度劳累’。
脑垂体瘤闭经需要先治疗脑垂体瘤，以抑制肿瘤的激素分泌为主要手段，尽可能的让肿瘤消失，治疗方法有服用药物、手术治疗、利用放射技术治疗，可以根据肿瘤的大小和性质来决定治疗方法，脑垂体瘤治疗以后闭经的症状也会随之消失。
下丘脑垂体闭经调节不良，中西医结合效果较好。中医认为闭经过多肾精不足，冲任失调，无血可联。另外，过去甲亢、甲状腺激素分泌过多会抑制下丘脑垂体，因而FSH和LH分泌就会减少的，导致闭经、人工循环3-6个月，期间取肾补精、经经经中药治疗。