卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的大小和症状。有必要在所有方面采取保守的药物治疗或选择性手术。对于对内分泌影响较大的多种囊性疾病，进行手术治疗。对于小单囊肿可能是生理性的，所以可能是自我恢复，定期复查彩超等，囊肿也可以在选择中医治疗方面有一定作用。
如果巨型的卵巢囊肿超过5公分，且随访观察2个月没有明显减小，这时候使用药物治疗没有明显的效果，患者一般是需要进行手术治疗的，手术分为单纯的囊肿剔除术和附件切除术，都可以在腹腔镜下进行，就是在下腹部打三个小眼创建人工气腹，在腹腔镜的辅助下进行手术。此类手术切口小，对患者的损伤小，患者术后恢复快，如果不进行手术，可能会严重影响患者的生活质量。
巨型卵巢囊肿有一定的几率会引起停经。
卵巢囊肿可能会导致患者出现停经现象，巨型卵巢囊肿更会引起停经，出现了巨型卵巢囊肿的时候它的功能就会丧失或者是减退，而女性的卵巢如果出现巨型囊肿那么排卵的功能也就会受到影响，很容易造成女性月经出现紊乱或者是闭经，患了巨型卵巢囊肿不仅会造成女性朋友出现闭经，同时它还会影响精子跟卵子的结核从而造成不孕。
建议：患了卵巢囊肿的时候患者一定要多吃一些比较有营养的食物，还有就是不要吃含有刺激性的食物，如果平时有抽烟的习惯最好把烟戒掉这样更有利于病情恢复。
卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。