卵巢囊肿5cm不能怀孩子，囊肿达到5cm是会影响怀孕的，因为这样的卵巢囊肿会直接影响卵巢的排卵功能，女性无法排卵，就没有办法成功受孕，即便是怀孕之后，也很难成功保胎，所以要先解决好囊肿再备孕。
卵巢囊肿出现以下情况时是肯定不能怀孕的，卵巢肿瘤生长过快过大时，导致到影响卵巢的血运和排卵，某些卵巢肿瘤出现急慢性扭转、破裂时，影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。
卵巢囊肿生理性的是可能好的，生理性的卵巢囊肿是由于激素水平的问题引起的卵泡黄素化不破裂形成的，生理性的卵巢囊肿无需处理随着月经来潮激素水平的变化，月经干净后复查会自行消失。
卵巢囊肿5cm可以通过使用药物、手术治疗等方法进行处理。
如果卵巢囊肿的直径达到5cm，通常可以口服益母草颗粒来治疗，能够活血、利水，有助于使囊肿缩小；如果卵巢囊肿已经影响到月经，造成月经周期紊乱、不规则出血，一般需要手术，比如卵巢囊肿剥除术、卵巢切除术等，建议根据具体情况决定手术方法，以便于彻底治愈疾病。
卵巢囊肿有生理性和病理性两种，生理性卵巢囊肿会随着月经来潮而萎缩，病理性的卵巢囊肿与炎症刺激、内分泌失调有关。单侧囊肿，一侧也能排卵，可以受孕。如果两侧都有囊肿，而且体积在5cm以上，就会影响到怀孕。
这是因为卵巢囊肿会影响到卵巢的正常功能，从而引起内分泌紊乱，或者是囊肿会阻碍卵泡的发育和成熟，从而影响到黄体的功能，从而影响到受孕。达到5cm是必须要做手术的，否则可能会出现撕裂和扭曲。
卵巢囊肿如果是生理性可以怀上孩子的，甚至都不影响月经，病理性的卵巢囊肿，还是要注意的，一般生理性的囊肿不超过三公分，如果卵巢囊肿大于五公分，还是要注意的，因为有可能怀孕后囊肿可能会增大，甚至发生破裂，从而影响妊娠。