巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿这个要看轻重程度，还有与盆腔的组织器官是否有粘连，才能确认是否影响生育，如果是轻度的子宫内膜移位卵巢巧克力囊肿，这个还可以怀孕的，如果是巧克力囊肿包裹卵巢比较严重，并且与周围组织粘连这个就有可能影响生育，需要做保留生育能力的手术。一般这种巧克力囊肿只要能够怀孕，一般分娩后这种疾病有可能痊愈。
卵巢巧克力囊肿病人，由于经期时囊肿内出血较多，囊腔内压力增高，囊壁可出现小的裂缝并有极少量血液渗漏，但裂缝很快被漏出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所闭合，巧克力囊肿的临床表现并导致卵巢与邻近的子宫和肠壁粘连，往往也累及输卵管，所以输卵管管腔可能通畅，但管壁因扭曲而影响其蠕动，盆腔内广泛的粘连和输卵管蠕动减弱，以致影响卵子的排出和摄取，可以出现不孕。
巧克力囊肿属于异位内膜出血引起，随月经而增大，长时间反复出血，机化后形成囊肿，但是在怀孕期间因月经停止，囊肿很可能会逐渐缩小，怀孕后由于没有月经，巧克力囊肿会慢慢萎缩，甚至消失。