巴氏腺囊肿应该怎么治疗需要根据具体情况来确定：
如果是巴氏腺囊肿很小，没有出现局部炎症，可以不治疗，要密切观察，同时要避免食用刺激性的食品，避免食用海鲜等发物，多食用新鲜的瓜果和蔬菜。巴氏腺囊肿是大的，或是伴随着疼痛和炎症，就必须进行手术。巴氏腺囊肿复发、年纪大的病人，可以考虑进行巴氏腺囊肿切除术。
巴氏腺囊肿的治疗通常有一般治疗和药物治疗，具体分析如下。
巴氏腺是女性生殖腺之一，主要功能是分泌粘液，润滑阴道。如果巴氏腺因为某些原因堵塞或者发炎而形成巴氏腺囊肿，不仅会影响巴氏腺的正常功能，还会对女性的生殖健康造成极大的危害。患上巴氏腺囊肿后要注意私处卫生，勤换内裤，避免细菌感染。巴氏腺囊肿感染是有传染性的，可以通过性生活相互感染，需要夫妻同治。建议在医生指导下口服头孢类抗生素或喹诺酮类抗生素等抗菌消炎药物，也可以服用妇科消炎类药物。
一般来说，巴氏腺又叫大腺体。位于外阴大阴唇下方，腺体较小，约有豆粒般大小，两侧一，腺管较细，在小阴唇和处女膜的沟槽中开口。在性激动的时候，会产生一种油脂状的液体。一般人是无法触及到腺体的。前庭大腺体在前庭大腺管阻塞后，由于分泌物质在囊腔内堆积，从而导致了前庭大腺囊肿的发生。一般没有任何临床表现，当合并感染时，会有显著的痛苦。目前最常见的是前庭大腺囊肿造口引流术，该技术操作简便，创伤少，对正常的甲状腺功能无损害。手术后每日两次进行红外线辐射。用清水擦拭阴道，使阴道干燥。如果出现了严重的症状，必须配合抗生素进行抗菌处理。
巴氏腺囊肿需要脓肿切开术治疗。传统治疗行造口术，出血多，创伤大，需要住院治疗。手术后局部容易形成炎性瘢痕，也容易反复。巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，前庭大腺位于两侧大阴唇后部，腺体开口于小阴唇内侧近处女膜处。
一般来说，女性外阴巴氏腺囊肿通常需要进行外科手术治疗。
手术方法为：外阴巴氏腺囊肿。可以选择局部麻醉，也可以选择腰麻。局麻可以在门诊做，腰麻就得住院了。麻醉后，在外阴最凸起的位置切开，直至囊肿包膜完全取出，然后用可吸收的线将囊肿封闭。外阴也可以用可吸收的线进行皮内缝合，但不能拆线。手术后的消炎处理。腰麻病人术后24小时内不能下床。