巧克力囊肿微创手术其复发的几率可以达到60%以上，由于巧克力囊肿是内膜异位引起，所以在腹腔镜手术以后，巧克力囊肿都很容易复发。为了预防复发，在手术以后，需要肌注曲普瑞林针来造成假绝经，以使残留内膜完全坏死。
巧克力囊肿在三年内复发的几率约为14%，而在三到五年内复发的几率已上升至40%。卵巢囊肿的治疗取决于年龄、症状是否恶性、囊肿的位置、大小、生长速度、子宫附件的变形、生育功能是否得到保留以及病人的主观愿望。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以会复发。在术后如果没有计划怀孕的情况下，可以治疗3个月到半年的时间，主要是避免复发。对于计划怀孕的病人尽快怀孕，避免引起复发。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿也称为子宫内膜异位症，有巧克力囊肿，怀孕的几率是10%左右。要先治疗好巧克力囊肿，可以考虑腹腔镜手术治疗。有巧克力囊肿也有可能有痛经，所以根据情况再进一步检查治疗。
巧克力囊肿是有可能会复发的，巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症造成的，一般如果巧克力囊肿比较大，建议进行手术治疗，手术治疗之后可以在医生指导下服用药物来治疗子宫内膜异位症，如果子宫内膜异位症恢复到正常，是不会再复发巧克力囊肿的。可去正规医院检查后确定治疗方案。
