常见的原因有胚胎染色体异常、免疫功能异常、黄体功能不全、甲状腺功能低下、子宫解剖异常、自身免疫异常、血栓前状态及宫内感染等，因此在发生胎停育后，男女双方都需要进行系统检查，找出病因，针对治疗，以免胎停育再次发生。
胚胎停育有三种因素1.遗传因素为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。2.父母年龄父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。3.妇科因素孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可导致胎儿停育的发生。
胎停的原因很多，母体孕激素不足，子宫内膜薄，精子卵子本身质量不好，孕期感染病毒或住新装修的房子都有影响。积极检查。为内分泌紊乱、子宫内膜等异常、生殖道感染等都有可能。
胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
胚胎方面：胚胎异常是先兆流产的主要原因；母体方面：全身性疾病、内分泌异常、免疫功能异常、不良习惯、环境中的不良因素、子宫缺陷、创伤、情感创伤，如过度恐惧、忧伤、愤怒等都可能导致经期胎停育。