巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
这种疾病又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和朱古力差不多，患有这种疾病大多数人都是属于良性肿瘤，但是也不排除会病情会恶变。
巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，是子宫内膜长在卵巢上面而形成的囊肿，这是由于卵巢上面的子宫内膜会随着月经周期中激素水平的变化而发生变化，这个时候异位的内膜会在卵巢里面生长，发生周期性的出血，就会形成单个的或多个的囊肿，这样的囊肿里面会有陈旧性的血液，像巧克力一样，所以就称之为巧克力囊肿。月经来的时候肚子很痛，随着时间的延长，疼痛的症状会越来越严重，而且会影响到怀孕。
巧克力囊肿蒂扭转指的是卵巢囊肿因为体位等变成发生了扭转，是妇科很严重的疾病。约10%卵巢肿瘤并发蒂扭转。好发于瘤蒂长、中等大、活动度良好、重心偏于一侧的肿瘤。常在病人突然改变体位时，或妊娠期、产褥期子宫大小，位置改变时发生蒂扭转。
是由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次来月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月的积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色，因而得名为巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿的形成就是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，疾病特别就是只要还有月经，容易复发和转移。这是良性疾病。疾病长久以后还有一个特别就是：肯定形成严重的盆腔炎性粘连，导致慢性盆腔疼痛。所以建议术后配合中成药清热解毒抗粘连。