针对巧克力囊肿有两种治疗方法：进行手术切除治疗。严重的应该选择此方法。艾灸治疗。此方法更适用于前期理疗和术后疗养，比较温和无害。打针虽然可以一定程度地抑制巧克力囊肿增长，但同时也会人体记忆力，抵抗力等方面产生影响。
巧克力囊肿手术后会复发，打针是为了巩固效果防止复发。如果不打闭经针，那么来月经的时候，那些不正常的内膜还是会继续生长。一旦需要怀孕，停止用药，月经会立刻恢复，不需要担心。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
巧克力囊肿术后要打针，因为巧克力囊肿手术过程中一个很重要的步骤就是保护卵巢的功能，所以巧克力囊肿手术一般不会做的太好。所以术后巧克力囊肿复发的可能性比较大，为了巩固手术之后的效果，避免巧克力囊肿过早的复发影响受孕，通常都是需要打针的。
可以看一下中医，可以根据病情采取中药进行治疗。平时注意休息，避免劳累，不要吃高脂肪食物和油腻食物，通过西药激素注射可以控制囊肿，中药局部用药，通过皮肤吸收，可促进活血化瘀，达到治疗疾病目的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。