卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
对于治疗巧克力囊肿目前的中药疗效也不是太高的，要找一个专业的医生和一个好的治疗方案，服用中药一个疗程看看，如果说一个疗程后仍旧是这么大或者说增大了，那么也不用再保守治疗了，只好选择手术来治疗。多久能治疗好要看怎么选择了。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，临床原则是手术治疗，现代医疗水平先进，可以不用开刀，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。
巧克力囊肿一般是由于慢性炎症或者体内激素水平升高引起的，可以碰凉水，手术一个星期之后就可以着凉。只要是平时避免过于劳累，保持一个良好的心情，不要压力过大，情绪不必过于紧张。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
出现了巧克力囊肿，已经到医院做了腹腔镜手术治疗，时候建议在半年之后不可以怀孕的。目前做了巧克力囊肿的腹腔镜手术治疗，还需要使用一些抗生素药物进行抗感染治疗的，如果准备怀孕，可以到医院妇产科就是考虑需要做腹部彩超检测，而且还需要做卵巢功能检查的。