多囊卵巢治疗是一个需要时间和耐心的过程，像肥胖型内分泌失调的，首先需要减肥，其次配合药物治疗，恢复受孕功能的概率还是很大的。如果是其他疾病导致的多囊卵巢，应先治好其他疾病，再做后续多囊卵巢的治疗，去不孕不育专科医院检查治疗。
多囊卵巢需要看是否有生育要求来定，还需要看病情的程度和临床表现来定治疗方案的，应控制饮食，增加运动降低体重和腰围，药物治疗，调经降雄激素及胰岛素水平，促排卵或手术治疗，腹腔镜下行多囊卵巢打孔术，提高排卵率和妊娠率。
多囊卵巢的治疗上主要以激素调节为主。首先要做相关的检查，于月经第2-3天行性腺六项、血糖及胰岛素抵抗的检查，根据检查结果进行针对性的治疗。可以通过口服天然雌激素与孕激素药物进行正常的人工周期调节，如果存在排卵异常情况，也可以通过促排卵治疗达到排卵的目的。
临床针对多囊卵巢的治疗方法比较多，比如中西医结合的药物治疗，调理内分泌，增强子宫卵巢功能进行排卵，或通过腹腔镜技术针对多囊卵巢治疗或进行人工卵巢技术治疗等病情康复以后，能排出优势卵泡，就可以考虑怀孕生育。
多囊卵巢可以经内分泌科先药物调理，如果必要时可能要更进一步治疗，比如卵巢打孔等，主要看看卵巢囊肿的大小，如果是超过五公分的，一般需要采取手术治疗，多吃清淡的食物，多吃蔬菜水果。保持营养的均衡，多吃一些蔬菜类的，比如白菜，黄瓜，西红柿，紫甘蓝，芹菜等，水果类的可以多吃一些哈密瓜，香蕉，苹果等。
病人应该尽量调整自己的情绪，尽快到正规医院进行检查，观察病情，开正确的药。大多数囊性卵巢综合征病人在减肥后可以通过调整生活方式自愈，只有少数顽固性病例需要医疗干预。