胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有：子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等，需要引产的。
孕中期会有胎停现象发生的，一般引起怀孕中胚胎停育的原因很多，主要卵泡发育不良，胚胎发育不全，孕卵异常；胎盘发育不良，母儿血型不合；女性内分泌功能失调，生殖器官疾病；女性孕期全身性疾病；男性精子质量问题，如发育异常，畸形等；以及男女双方中存在染色体异常等导致。
在孕早期胚胎停止发育的主要表现是恶心、呕吐，乳房胀痛等早孕反应突然消失，可能会伴有小腹隐痛，下坠和阴道流血情况。在怀孕的中后期出现胚胎死亡时会有胎动突然消失，同时会伴有再发性的腹痛，阴道流血或者是阴道排液等临床症状。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
胚胎停育应该及时的去医院做相关的检查，明确病因对症治疗。因为是有生殖内分泌原因，是黄体功能不全，多囊卵巢原因有关系的，也会有男性的精子质量。还有子宫和卵巢功能问题，子宫大小是否有异常，异常的细菌性感染或者衣原体问题。