原因就是子宫内膜的损伤，最常见的就是反复的做人流手术、刮宫手术等，子宫内膜肌体一旦收到损伤之后想再生长起来就非常困难。子宫内膜不是固定的，是随着月经周期而变化的，注意饮食的合理性，注意休息好，适当的运动，保持一个良好的心情。
具体目前尚不明确，但主要与内源性激素雌激素，以及外源性雌激素的作用有关系。内源性雌激素的影响，第一是女性不排卵，子宫内膜长期受雌激素的作用无孕激素的对抗长期处于增值状态，第二是女性肥胖的影响。外源性雌激素的影响，提升激素替代疗法，主要是围绝经期的女性，由于激素缺乏而导致骨质疏松，更年期综合征，用一些雌激素能缓解一些的症状，但是就会导致子宫内膜过厚。
如果出现子宫内膜薄就应该首先药进行宫腔镜检查，从而排除宫腔粘连。一般女性在做人工流产后子宫内膜厚度会由于刮宫次数过多刮宫手术的过重，导致女性的子宫内膜受到损害，子宫内膜厚度变薄。其实避免人流造成子宫内膜薄较重要的就是采取正确有效的避孕措施，防止多次人流对子宫的损伤。
子宫内膜薄，常见的原因一般是内分泌失调、雌激素不足、排卵障碍和生长激素缺乏等。还有就是子宫内膜的损伤、粘连等，饮食对于该疾病的治疗有着重要的意义。子宫内膜薄，可以多吃黄豆和豆制品，因为大豆含有天然的雌激素，能补充雌激素，含雌激素多的食品一般都是豆制品。
子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。也有的是用药，还有内膜薄是做人流药流做的，把内膜做薄了，做的次数多了，甚至现在有很多做无痛人流，做完之后根本就不来月经了，内膜才0.3、0.4，就非常薄了。