如果卵巢囊肿不舒服或有其他不舒服的症状，就不需要治疗。它们可以被观察一段时间。通常，需要更多的休息，不要感到太累，吃清淡的食物，不要吃冷饮或辛辣的食物，并定期复查。如果有增加的迹象，可以通过手术移除或服用一些抗炎药物进行调理。
2cm的卵巢囊肿一般不需要特别治疗，需要进行动态的检查，等下次来例假后做一次子宫附件彩超检查。如果检查子宫附件的时候，发现囊肿比以前更大，并且在5cm以上的时候，需要做外科手术。如果囊肿继续生长，并且生长速度较慢，肿块标记也是很好的，可以服用红金消结胶囊类的药物，服用两周左右，下一次来例假，以确定囊肿的状况。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
如果是良性卵巢囊肿可以采用切除术，如果卵巢囊肿已经是晚期时，为了避免囊肿组织向盆腔和腹腔转移，要尽快的切除原发囊肿。但是，晚期的囊肿已经与卵巢粘黏到一起，并紧贴着盆覆膜，所以需要将整个卵巢全部切除。
可以考虑用保守治疗的方式，治疗期间精神压力不要过大，多注意休息，不能熬夜，养成一个良好的生活习惯。另外，平时也要多注意局部的卫生。要以纯棉宽松透气好的内裤为主。
卵巢囊肿需要治疗1个月时间。最常见的治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗的方法，由于药物疗法具有一定的局限性，大部分还是要采用手术的方法进行治疗。如果囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不用管。