药物流产的副作用主要是出血量大，而且出血时间长容易发生残留，需要二次清宫，所以在做药物流产前，要先进行超声检查以及凝血四项的化验，一切在正常范围内才可以使用药流。如果超出49天或者孕囊的直径大于2.5厘米以上，不可以在门诊用药，需要住院使用药物流产。药流术后如果出现出血量多于月经量，而且腹痛加剧需要及时的进行诊刮术止血治疗。
一般情况下，药物流产不干净的表现有发热、腹部疼痛、阴道流血等。
药物流产不干净通常会出现发热的现象，可能是药物流产不干净导致的宫内感染，这种情况下应及时去医院进行B型超声波检查，如果有宫内残留物，应及时在医生的指导下进行刮宫处理。此外，药物流产不干净还会有腹部疼痛的表现，通常为持续性的腹痛、压痛等症状。阴道流血也是药物流产不干净的表现，流血时间较长，流血量比较大，这种情况下一般也代表子宫内有残留物。
药物流产虽然对于女性的身体伤害相对较小，但是药物流产过后非常容易造成流产不全的现象。在做完药物流产之后，一定要密切观察出血的时间以及出血的量。如果出血时间过长或者出血量过大，都要及时去医院就诊，这种时候多数考虑是流产不全，需要进一步清宫。女孩要自尊自爱，不要轻易发生关系，意外怀孕，做人流很伤身体，有时会导致以后的不孕，在调理的期间和日常生活中不焦虑，不生气不发火，别吃油腻、油炸食物。饮食以清淡为主，少食多餐，不能暴饮暴食，不能过饥过饱，多吃新鲜蔬菜水果。
如果女性是行人工流产终止妊娠，那在流产后就可能会引起以下后遗症。最常见的就是由于在人流手术的过程中，损伤子宫内膜基底层，从而导致术后出现月经量少和宫腔粘连。还可能导致盆腔感染，而引起慢性盆腔炎出现，甚至导致宫颈管粘连，出现继发性闭经。同时由于人流手术的刺激，也会影响卵巢的内分泌功能，导致术后出现月经失调，甚至继发性不孕。
药流后要注意休息，避免劳累，饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，一个月内禁止同房。注意局部卫生，勤换内裤，勤洗外阴，要保证充足的睡眠，不要熬夜。衣着应宽大，腰带不要束紧。
