卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上一般医生会建议手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。
一般存在卵巢囊肿大小，如果大于3.0厘米以上都应该进行手术治疗，目前临床上治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可保留部分卵巢组织，外用药物效果不大，尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
卵巢囊肿最大的有5厘米左右，卵巢囊肿有良性的，还有恶性的，如果发现了囊肿，不管是良性的还是恶性的，应该及时的到正规的医院去做手术治疗，千万不要一拖再拖，以免导致病情的加重，错过治疗时机，同时一定要注意劳逸结合，要多注意休息。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。