良性囊肿如滤泡囊肿大都在3厘米左右，的囊肿是有可能自行消失的。此时应观察三个月，若两个月左右的时间内滤泡囊肿缩小或未增大，那么过一段时间后囊肿便会自行消失。如果继续增大的话，就需要手术治疗了。
卵巢囊肿手术建议选择腹腔镜微创手术就可以的，所以先安排彩超来看一下囊肿的大小等，预约手术的时间，在月经干净后积极进行手术是安全的，但是不要吃辛辣的食物，在手术后预防贫血和感染。
在手术之前，应该做好心理准备措施，并且要调节好自己的心态，不要有焦虑紧张的情绪，放松自己的心情。在手术的过程之中，应该听从医生的嘱咐，严格的按照医生的要求进行操作，以尽量避免因为操作不当而造成医疗事故。
卵巢囊肿的手术方式与囊肿大小密切相关，对于体积为5-6cm且B超显示为囊性或囊实性暗区的卵巢囊肿，可以考虑进行腹腔镜下卵巢囊肿剥除术，对于体积为10cm以上、B超显示为非囊性暗区的卵巢囊肿，需要进行开腹手术，应完整取出囊肿，避免囊液外溢，刺激盆腹腔而引起不适。
孕妇在孕期发现有卵巢囊肿，治疗原则一般是尽力维护母体的健康，尽量保护胎儿、新生儿不受影响，尽量保留母体生理、生育功能。在怀孕之后，如果发现有卵巢囊肿，一般妊娠对肿瘤是有影响的。因为母体的内分泌的影响，对器官或者组织的肿瘤都有一定的影响程度，但是通常不会导致流产。