巧克力囊肿的手术一般是采用分离钳将囊肿进行剥除，然后将卵巢组织再进行缝合，从而能够保证卵巢正常的分泌和生殖功能。如果巧克力囊肿不能够剥除，而切除的卵巢组织较多，那么会降低卵巢的内分泌和生殖功能，严重者会导致卵巢功能早衰的情况发生。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
手术后2个月内复查。如果你想检查卵巢囊肿，通常在月经干净后通过b超检查。与上一个结果相比，是否有渐进增长。如果典型的卵巢子宫内膜异位症囊肿可以通过病史、妇科检查结合B超诊断，但这不是金标准。其实有些卵巢子宫内膜异位囊肿的诊断比较困难，甚至需要腹腔镜诊断。
巧克力囊肿复发的时间是不确定的。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。避免复发可以在宫内上节育环。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
巧克力囊肿最大的症状就是痛经，也可以表现为不孕，月经异常等其治疗需要根据年龄，症状以及生育要求等全面考虑，病变轻微，症状不明显的可以随访观察，痛经明显地可以药物治疗，有生育要求的可以采用保留生育功能的手术治疗。属于需要保留生育功能的，可以采用能够保留生育功能的手术方式，切除患病部位保留卵巢，既保留了生育功能，又保留了卵巢功能。
