药流的危害小，人流的危害大。如果药物流产能完全将孕囊排出干净，而不需要再行清宫手术操作，那么一般人流手术比药流伤害更大。这是因为人流手术时，会用负压吸引管进入到宫腔内，将孕囊和部分蜕膜组织吸出，所以这时候对内膜可能会有一定的伤害，而且在进入宫腔操作的时候，也可能会引起盆腔感染。药流不需要进入宫腔操作，直接通过药物让孕囊自然从宫腔内排出，所以伤害一般比较小。建议患者到产科检查后，在医生的建议下选择最合适的人流方式。日常注意多休息，注意保暖，营养饮食，多吃鸡蛋和牛奶，增强免疫力。
药物流产痛苦小，避免了器械性手术操造成的恐惧和伤害，但药流后存在阴道流血时间长及流产不全需进行清宫术等。相对而言，无痛人流具有镇痛效果强、完全流产率高等特点。
人工流产是一种有创操作，需要在宫颈扩张的前提下，用负压吸引的方式将孕囊、蜕膜、血液等组织吸出体外。为了防止漏吸，一般会将宫腔清理得比较干净，一定程度上会对子宫内膜造成损伤。药物流产是使用药物而非手术的方式，终止早孕的一种避孕失败的补救措施。由于药物流产无创并且使用方便，目前临床上应用是比较广泛的。药物流产没有宫腔操作，所以流产后出血量多，出血时间长是主要副作用。
无痛人流跟药流，药流伤害小，现在怀孕40天左右选择药物进行流产比较好，这样对损伤是小的恢复起来也是比较快的。但是这样有可能药物流产不完全，到时候可以选择一次清宫进行治疗，这种来说对损伤也是比较小的。
如果都是成功的，药流对身体的伤害更小。如果药流比较成功，因为没有进行宫腔操作，引起子宫内膜损伤的几率相对来说会比较小，但是药流也有风险。根据药流的说明书认为药流的成功率是90%到95%，也就是说有5%到10%的女性可能会出现药流不全，还需要再次清宫的可能。无痛人流属于手术流产，如果在手术的过程中刮宫过深，也有可能会损伤子宫内膜，严重者甚至可能会发生宫腔粘连、闭经，造成不孕等问题。
药流和人流各有利弊。药流是应用药物终止早期妊娠的一种方法，优点是方法简便，无需宫腔操作，疼痛感轻。但是药流最大的副作用，可以导致后期出血淋漓不尽、月经不调。药流存在一部分药流不全概率性，同时药流的药物对肝肾功能影响也是相对比较大。人流手术是一种宫腔操作，用吸管伸入到宫腔。