治疗卵巢囊肿的药物大部分都是活血化瘀的中成药，是不能月经期服用的，因为服用有可能会导致月经期延长，月经量增多出现月经不调的。月经干净后的三到五天按疗程规律用药治疗。
月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
如果囊肿比较大需要在月经干净3到7天住院手术。如果没有超过五厘米的，可以用短效避孕药调理两个月再复查。如果囊肿比较小，可能问题不大，定期复查。如果有痛经，有可能不是单纯的卵巢囊肿，可能是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症的一种，容易引起痛经的，囊肿伴有出血腹痛的也需要排除怀孕需要用早孕试纸测试。
卵巢囊肿要看其大小，是否带蒂，如果囊肿较大，可以导致周围组织压迫症状，如果发生蒂扭转，可能导致急腹症的，要及时手术处理的。如果囊肿很小，经过动态复查生长不快，可以继续观察看看的，暂时不用处理。
卵巢囊肿常常提示为卵巢的炎症导致，如果炎症加重的话，卵巢囊肿会增大，另外月经期间，因为盆腔充血，有可能体积会略有改变，导致月经不调，有的女性会出现月经量增多或者月经量减少等表现，你现在月经量变得很多，颜色鲜红色与患有卵巢囊肿疾病是有直接的关系，积极对卵巢囊肿进行治疗，先确定囊肿的大小，再采取下一步治疗方案。
一般生理性卵巢囊肿在月经期间是不会疼的，如果有疼的情况有可能是月经不调导致的，或是身体着凉，也可能是妇科炎症引起的，也可能是气滞血瘀，寒湿凝滞瘀阻等原因导致的疼痛。