保留卵巢功能手术：切除盆腔内病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢。适用于III、IV期患者、症状明显且无生育要求的45岁以下患者；药物治疗，年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕类的药。
手术治疗，保守性手术和半保守手术，前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，根据患者年龄和生育需求确定手术方式。药物治疗，年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕类的药。
一般认为子宫内膜异位症等仍有可能导致痛经或月经异常出血，因此应多注意休息等，诊断子宫内膜异位症等，多吃中成药等调理，观察一段时间等，同时应注意观察是否发生贫血，如果效果不好，也可考虑进行微创手术等调理。
子宫内膜异位症的确诊主要是根据病人的症状，在月经期的时候会出现明显的痛经症状，通过B超检查在附件区，尤其是卵巢上会发现有巧克力囊肿，可以确诊为子宫内膜异位症。如果是子宫腺肌症，会伴有月经量增多，并且有进行性加重的痛经，导致不孕不育。通过B超检查会发现，在子宫肌层会有多个囊性的暗区，结合临床病史可以诊断子宫腺肌症。
子宫内膜异位症要抓住早期治疗，控制子宫内膜异位症发展，防治疗后复发。子宫内膜异位症的治疗方法很多，有手术治疗，西药及中药治疗。西药治疗子宫内膜异位症：多为以假孕疗法为基础。中医中药治疗子宫内膜异位症：具有缓解疼痛、调经助孕、改善症状等显着疗效，同时通过对内分泌、血液流变学、生殖、前列腺素合成于代谢及免疫等方面进行调节，改善生殖系统的功能，以达到提高受孕率的目的。
子宫内膜异位症有西医手术治疗与中医保守治疗。手术治疗：分保守手术及手术两种。年轻或尚需保留生育机能的女性，可行子宫内膜异位囊肿剥除术及病灶切除术为保守手术；对不要再生育的女性，可行全部子宫及病灶切除，保留一侧或双侧部分卵巢，术后辅以药物治疗，复发率较低；近绝经期的妇女可行手术，行全子宫、双卵巢、输卵管切除术以及病灶切除术可避免复发。