患有卵巢囊肿的治疗方法，是要看个人的情况来决定的。生理性囊肿不需要特殊处理，定期复查妇科超声，通常会2-3月经周期会消失。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，症状明显的可以手术治疗，术后要配合药物治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。包块大于4-5cm，且持续存在，无法排除恶变的情况下，需进行盆腔探查，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。
在月经期出现疼痛，称为痛经，就不一定是囊肿的原因，月经已经干净了，出现明显的疼痛有囊肿的情况下，要注意检查是不是出现了卵巢囊肿蒂扭转，出现了是需要手术的。需要及时去医院检查，医生的体检以及B超的检查判断是否卵巢囊肿蒂扭转，以决定相应的处理。
疼痛不能表示囊肿越来越严重，而且疼痛的严重程度与囊肿的程度也没有绝对的关系，并不是疼痛越明显，囊肿越严重。确定为卵巢囊肿，首先要确定是良性，还是恶性。手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
一般有囊肿等，需要定期的安排彩超复查看看，如果明显增大或者伴随月经紊乱等，多加强营养即可，也不要吃辛辣的食物等，注意观察是否导致了并发症等，同时没有及时治疗影响是比较大。