不超过3厘米而且在排卵期以后就会消失的卵巢囊肿就是生理性卵巢囊肿。超过3厘米不随月经周期变化的就是病理性卵巢囊肿，卵巢囊肿大部分都是良性的，不要担心，直径超过6厘米的卵巢囊肿是需要手术治疗的，因为会因为卵巢囊肿蒂扭转而发生急性腹痛。
卵巢囊肿就是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类，而通常生理性卵巢囊肿是指非肿瘤性的那一类。生理性卵巢囊肿是最常见的卵巢囊肿，一般发生在排卵期的育龄妇女，生理性卵巢囊肿一般会自动消失。
卵巢囊肿一般是根据超声检查来分辨的，生理性的卵巢囊肿在例假结束后会自然破裂消失，建议在例假结束后一周内做检查，如果囊肿消失则为生理性囊肿，如果囊肿可能是病理性囊肿。
卵巢囊肿分为生理性和病理性两种，生理性的卵巢囊肿是在女性排卵期滤泡聚集而形成的，往往几个月后会自动消失。病理性的卵巢囊肿在早期也没有明显的症状，有症状者多表现为腹部疼痛、月经不调、白带异常、腹部肿块等，容易被忽视或误诊。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，一般有进行性痛经的症状，如果没有痛经考虑普通卵巢囊肿几率大些。进一步检查确诊后再考虑下一步治疗方案，如果是巧克力囊肿，建议及时手术，药物治疗效果不好，且巧克力囊肿一旦破裂比较麻烦。
卵巢囊肿分病理性的和生理性的，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，需要手术来明确诊断并作相应的处理。如B超提示囊肿为无回声的囊肿，没有分隔，那么可以先观察3个月，3个月后重复检查，如囊肿仍然存在，应考虑手术处理。