巧克力囊肿手术之前，应该做足术前准备，先提前冲洗阴道，然后积极消炎，防止术后感染，手术之前应该禁止性生活，保持心情良好。一般等月经干净后3-7天才可以实施卵巢巧克力囊肿手术。
做巧克力囊肿手术之前应该做足术前准备，先提前冲洗阴道，然后积极消炎，防止术后感染，手术之前应该禁止性生活，保持心情良好等月经干净后3-7天才可以实施卵巢巧克力囊肿手术，术后应该多注意休息。
如果是做的腹腔镜手术，需要住院5-7天的时间。如果做的是开腹手术，需要住院7-9天的时间才可以出院。出院以后一定要定期的复查，因为巧克力囊肿有可能复发，建议每半年做一次B超检查。
巧克力囊肿术后一个月不要从事剧烈运动，休息一个月再上班。如果是坐办公室，劳动强度小，可以半个月以后上班。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症。术后必须配合药物产生闭经疗法防止复发。
囊肿手术以后饮食方面要清淡，温和，少量多餐，避免各种生冷，辛辣，刺激性的食物的摄入，避免吃火锅，烧烤，海鲜等之类的，多注意休息，多吃一些新鲜的蔬菜，牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。此外，含高激素类的食物和豆制品也不要多吃或者尽量避免吃。
巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。