就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物。人工闭经的同时会引起出现骨质疏松，潮热、盗汗等激素水平下降而引起的为绝经期症状和心血管症状。所以在临床当中想要预防巧克力囊肿复发是非常困难的。
采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿是卵巢囊肿中的一种。区别是单纯的卵巢囊肿可能不会有疼痛。除非发现囊肿特别大，有卵巢瘤体扭转会出现这种疼痛，一般体检的时候能够发现。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重的趋势，用药一般不能够缓解。疼痛每个月都有，并且逐渐加重。所以区别是巧克力囊肿比卵巢囊肿疼的更严重一些。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
