生理性卵巢囊肿的原因有卵泡、黄体囊肿等。在正常的生理周期中，在增生期会出现卵泡的成长，最终形成一个成熟卵泡；在排卵过后或者怀孕初期，可能出现黄体囊肿，这些都是生理性的，没有什么问题的，会自动消失。可以在下次月经干净后的3-7天复查彩超可以确诊。
生理性囊肿，一般发生在排卵期。卵巢排卵后，黄体形成黄体囊肿，会引起卵巢增大，B超检查有囊肿。一般在月经来潮干净之后，囊肿会消失，这是一种生理现象，是正常的。但是如果囊肿比较大，长时间的存在，或者伴有腹痛，异常阴道出血。需要排除卵巢病理性的囊肿，是需要治疗的。第一次发现有小的囊肿，可以观察监测3到6个月复查一次。
较多见的生理性卵巢囊肿是月经周期中正常的卵泡持续生长，这种囊肿通常不会引发健康问题，也很少导致身体疼痛不适，一般在2~3个月经周期会自行消失，不需要进行治疗。如果反复出现生理性卵巢囊肿，女性患者就要及时去医院做性激素六项检查，同时也要改善自己的生活方式，改善饮食习惯，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。
生理性卵巢囊肿也就是黄素囊肿，囊肿一般不会太大，多在妊娠三月后自行消失，少数人囊肿可能较大发生破裂引起腹腔内出血，还有些人发生囊肿蒂扭转，病理性的不会消失，这两种情况都伴有突发剧烈腹痛，严重者伴有休克症状。应该注意腹痛的，有不适感及时到医院就诊，没有不适也不要为囊肿担心。
生理性卵巢囊肿可能是环境因素、饮食、内分泌等原因导致的。如果生活环境中存在电离辐射，可能会导致人体内分泌失调，造成卵巢囊肿。如果进食过多富含植物生长激素、瘦肉精类等激素食物，可能会导致激素分泌异常，形成卵巢囊肿。如果体内激素水平不稳定，内分泌旺盛，过多的雄激素，可能会出现生理性卵巢囊肿。女性可以注意日常护理，调节作息。
女性在月经的不同时期，一些生理症状是不一样的，比如到了排卵前期的时候，会通过做彩超看见发育的卵泡，有的也称为生理性的囊肿，体积在两公分左右，而且也不会继续长大，排卵以后就会自然消失，有时月经来潮前以及怀孕前三个月，也会出现黄体囊肿的。建议B超大多会显示边界清晰，规则，囊壁比较薄，透声比较好。