以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西医手术以及激素治疗复发几率高，可考虑中医保守治疗。卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿可以选用中药来进行调理。巧克力囊肿并不是长得很快，因此最好的方法就是去医院接受正规的检查，听从医生的，毕竟才是最懂得病情的人，同时要有一个良好的心态，这样病会好的更快。
巧克力囊肿，本质是子宫内膜异位引起的出血性囊性病变。如果没有明显的临床症状，囊肿又不大，可以暂时先观察，并注意定期复查。如果囊肿较大，或者有增大趋势，并出现临床症状，可考虑手术切除，然后再做病理组织学检查，最终明确性质。
