巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿一般都是良性的并不会发生恶性病变，女性只提供结果，现在还不能确诊。病理才是确诊的金标准等到月经干净3到7天的时候，到女性当地正规的公立医院去做微创手术，术后再做病理就可以明确诊断的。
巧克力囊肿大多数情况下是良性的症状，需要做进一步的细致检查才能够确诊的，可以先把囊肿切除以后，在对这个囊肿物进行细致的检查，来确定它是良性还是恶性，良性的一般在术后不再处理的，恶性需要进一步治疗就可以。
正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。而巧克力囊肿是子宫内膜异位到了卵巢，大多数良性的，但如果长期不治疗有可能会转成恶性的。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
卵巢良性肿瘤和恶性肿瘤的鉴别，大概分四个方面。首先根据卵巢囊肿出现的时间，还有生长速度。如果说生长的非常缓慢，就逐渐增大，是良性肿瘤。病程比较短，迅速增长的，是恶性肿瘤。良性的多为单侧的，活动度比较好，做彩超提示是囊性的。边界清晰，表面光滑，而且常常没有腹腔积液。恶性的卵巢肿瘤，多为双侧，而且活动度比较差。
